西安市鄠邑区人民检察院前身为户县人民检察署，成立于1950年5月，隶属陕西省人民检察署咸阳专区分署直接领导，署址设在户县县城东街县人民政府院内。首任检察长仝柏林。 1951年下半年户县人民检察署调整为户县人民政府和咸阳专区分署双重领导，1953年1月又重新划归陕西省人民检察署直接领导。“五四宪法”颁布后更名为户县人民检察院。1968年7月，户县地区文化大革命开始后，户县人民检察院被撤销。1953年至1968年期间，户县人民检察院机构及人员历经多次变更，最少时仅有3人，最多时14人。

    户县人民检察院恢复重建于1978年6月，隶属陕西省人民检察院咸阳分院领导，办公地址在户县公安局院内,1982年初迁至甘亭镇政法路6号院内。1983年底划归西安市人民检察院领导，2008年12月业务技术大楼落成后，迁入户县甘亭镇沣京路(现址)办公。2017年8月户县撤县设区西安市鄠邑区检察院正式揭牌。

    恢复建院初期，西安市鄠邑区人民检察院内设机构为办公室、刑事组、法纪组、经济组、监所组5个机构。随着经济社会发展和检察机关法律监督地位的确立，鄠邑区人民检察院机构及人员不断壮大，目前内设机构共计7部1室1队，分别为：办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合业务部、法警队。