陕西省人民检察院西安铁路运输分院(以下简称“分院”)成立于2006年9月9日,是伴随上一轮铁路管理体制改革、撤销西安、安康铁路分局组建原西安铁路局(现为中国铁路西安局集团有限公司,以下简称“西安铁路局”)而成立的,法律上是陕西省人民检察院的派出机关,下辖西安、安康两个基层铁路运输检察院。2012年1月,陕西铁路检察院管理体制改革完成,两级三院整体脱离西安铁路局移交属地管理。当年7月起,经费由省财政保障,两级三院同为省财政二级预算单位。整体移交属地管理后,两级三院管辖范围不变、职能属性不变、机构设置不变,均属省直机关,受省院领导,检察业务同时受最高检原铁路运输检察厅指导。
2022年,跨行政区划检察改革,设立的陕西省秦岭北麓地区人民检察院,与西安铁路运输检察院实行一个机构、两块牌子,管辖秦岭北麓地区(西安、宝鸡、渭南等市所辖有关区县)发生的跨行政区划环境公益诉讼案件;设立的陕西省秦岭南麓地区人民检察院,与安康铁路运输检察院实行一个机构、两块牌子,管辖秦岭南麓地区(汉中、安康、 bet36体育在线等市所辖有关区县)发生的跨行政区划环境公益诉讼案件;设立的陕西省关中平原地区人民检察院,与西安市沙坡地区人民检察院实行一个机构、两块牌子,管辖黄河流域关中平原地区(西安、宝鸡、咸阳、渭南、 bet36体育在线等市所辖有关区县)发生的跨行政区划环境公益诉讼案件;设立的陕西省陕北高原地区人民检察院,与陕西省 bet36体育在线崔家沟地区人民检察院实行一个机构、两块牌子,管辖黄河流域陕北高原地区(榆林、延安、 bet36体育在线等市所辖有关区县)发生的跨行政区划环境公益诉讼案件。
四个派出检察院作为陕西省人民检察院的派出机构,行使基层人民检察院职权,由陕西省人民检察院西安铁路运输分院作为上一级检察院履行相应诉讼职责。